Flavtist Marko Zupan ima pestro mednarodno kariero kot solist, komorni partner, orkesterski glasbenik, imoprovizator, aranžer in profesor.
Diplomiral je na Akademiji za glasbo v Ljubljani v razredu prof. Mateja Zupana. Kasneje je bil sprejet v razred prof. Pierre-Yves Artauda na ENMP “Alfred Cortot” v Parizu, kot tudi na Conservatoire National de Musique de Créteilu “Marcel Dadi” pri prof. Georgesu Alirolu. Po pridobitvi solistične in pedagoške Diplôme Supérieur je dosegel tudi Diplôme Supérieur de Concertiste de Flûte. Po študiju v Parizu je izpopolnjeval svoje znanje kot podiplomski študent na »Mozarteum« v Salzburgu v razredu uveljavljene slovenske flavtistke Irene Grafenauer. Poleg tega je pomembne glasbene impulze prejel na mojstrskih tečajih pri priznanih flavtistih, kot so Emmanuel Pahud, Peter-Lukas Graf, Michael-Martin Koffler, Felix Renggli in Sophie Cherier. Imel je tudi priložnost, da sodeluje na zadnjih treh mojstrskih tečajih, ki jih je vodil legendarni prof. Aurele Nicolet v Parizu, Hvar in Weimarju.
Med študijem je postal nagrajenec več slovenskih državnih tekmovanjih kot tudi mednarodnih glasbenih tekmovanj v Trstu (2000, Italija), Picardie (2004, Francija), Beograd (2005, Srbija) in Braunschweig (2011, Nemčija).
Njegovo delo kot solo flavtist vključuje orkestre kot so Berliner Symphoniker, Filharmonia Sudecka, Philharmonisches Orchestre des Staatstheaters Cottbus, Evian Festival Orchestra, Mozart Sinfonietta Salzburgu, Neues Kammerorchester Potsdamu, Philharmonie der Nationen in drugi.
Leta 2010 je postal asistent na Akademiji za glasbo v Splitu, Hrvaška. Tam je opazil pomanjkanje možnosti študentov za orkestralne izkušnje in začel delati na priredbah flavtističnih orkestrskih solov za kvartet flavt. Zbirka je leta 2013 objavljena pri založbi Svitzer v Kopenhagnu in je dosegla mednarodno priznanje. Kot del svojih pedagoških dejavnosti vodi tečaje flavte po Hrvaški, Bosni, Sloveniji in tudi na Japonskem. Od leta 2013 redno poučuje na poletni glasbeni šoli v Kašteli na Hrvaškem.
Kot solist in komorni glasbenik je nastopal na številnih festivalih, kot so: “Brücken” Festival für Neue Musik v zvezni deželi Mecklenburg-Vorpommern, Dnevi J.S. Bacha v Split na Hrvaškem, Blackheath festival v Londonu, Escales Musicales Evian, Performing Arts Series v Kansasu – ZDA, Nacht der Komponisten v Salzburgu, Festival Neue Musik Randspiele Zepernick in festival Les Couleurs de l’Europe v Alžiriji. Pomemben je bil nastop solo kopozicije “This War”, ki ga Eun-Ha Park napisala za ob 60 letnici Hiroshima Peace Concert v Dunajskem Musikvereinu.
Koncertne dejavnosti ga vodijo mu je po vsej Evropi, ZDA, Japonski, Kitajski, Južni Koreji, Vietnamu in Alžiriji. Imel priložnost igrati v takšnih prestižnih prizoriščih kot so Berlinska filharmonija, Suntory Hall Tokio, Wiener Musikverein, Konzerthaus Berlin, Slovenska filharmonija, Gasteig München, Kölnska filharmonija, Hanoi Opera House, Shanghai Oriental Art Center, Nacionalni center za uprizoritvene umetnosti v Pekingu, Salerno Opera in drugje.
Objavil je več zgoščenk; s Triom Susak (flavta, saksofon, klavir), z flavtistom Borisom Bizjakom in pianistko Yoko Misumi z glasbo za dve flavti in klavir posnet za londonski Hedone Records. Pred kratkim je posnel dvojno zgoščenko nemške romantične glasbe za flavto in klavir s svojo dolgoletno pianistko Minko Popović-Ganev, kot tudi zgoščenko v živo s koncerta improvizacije z pianistko Tino Mauko in harmonikarjem Juretom Torijem.
V želji po širjenju repertoar za flavto je premierno izvedel številne skladbe predvsem mlajše generacije slovenskih skladateljev, ukvarja pa se tudi z aranžiranjem klasičnih kompozicij drugih inštrumentov za flavto.
Bil je član žirije na 1. mednarodnem tekmovanju za flavto  Croatia in je ustanovitelj ter umetniški vodja Mednarodnega glasbenega festivala “Ursus” v Sloveniji.