Flavtist Marko Zupan ima pestro mednarodno kariero kot solist, komorni partner, orkesterski glasbenik, improvizator, aranžer in profesor.

Diplomiral je na Akademiji za glasbo v Ljubljani, Parizu in na »Mozarteum« v Salzburgu.
Med študijem je postal nagrajenec več slovenskih državnih tekmovanjih kot tudi mednarodnih glasbenih tekmovanj v Trstu (2000, Italija), Picardie (2004, Francija), Beograd (2005, Srbija) in Braunschweig (2011, Nemčija).
Njegovo delo kot solo flavtist vključuje orkestre kot so Berliner Symphoniker, Filharmonia Sudecka, Philharmonisches Orchestre des Staatstheaters Cottbus, Evian Festival Orchestra, Mozart Sinfonietta Salzburgu, Neues Kammerorchester Potsdamu, Philharmonie der Nationen in drugi.

Od leta 2010 je poučuje na Akademiji za glasbo v Splitu, Hrvaška. Kot del svojih pedagoških dejavnosti vodi tečaje flavte po Hrvaški, Bosni, Sloveniji in tudi na Japonskem.
Kot solist in komorni glasbenik je nastopal na številnih festivalih. Koncertne dejavnosti ga vodijo po vsej Evropi, ZDA, Japonski, Kitajski, Južni Koreji, Vietnamu in Alžiriji. Imel priložnost igrati v takšnih prestižnih prizoriščih kot so Berlinska filharmonija, Suntory Hall Tokio, Wiener Musikverein, Konzerthaus Berlin, Slovenska filharmonija, Gasteig München, Kölnska filharmonija, Hanoi Opera House, Shanghai Oriental Art Center, Nacionalni center za uprizoritvene umetnosti v Pekingu, Salerno Opera in drugje.
Objavil je več zgoščenk; s Triom Susak (flavta, saksofon, klavir), z flavtistom Borisom Bizjakom in pianistko Yoko Misumi z glasbo za dve flavti in klavir posnet za londonski Hedone Records. Pred kratkim je posnel dve zgoščenki nemške romantične glasbe za flavto in klavir s svojo dolgoletno pianistko Minko Popović-Ganev, kot tudi zgoščenko v živo s koncerta improvizacije z pianistko Tino Mauko in harmonikarjem Juretom Torijem.
V želji po širjenju repertoar za flavto je premierno izvedel številne skladbe predvsem mlajše generacije slovenskih skladateljev, ukvarja pa se tudi z aranžiranjem klasičnih kompozicij drugih inštrumentov za flavto.
Je umetniški vodja Mednarodnega glasbenega festivala “Ursus” v Sloveniji